Древняя столица Бутана (до 1955 г) Пунакха лежит в восточной части страны, в одноименной долине, образованной рекой Пунакха.
Длительное время Пунакха была столицей Бутана, а также зимней резиденцией короля, а теперь остаётся зимней резиденцией Дже Кемпо — главы бутанского буддизма, который с монахами в холодные зимние месяцы перемещается в этот дзонг, находящийся в тёплой климатической зоне.
Сам город расположен на высоте 1300 м над уровнем моря, что для Бутана почти низина, и имеет мягкий субтропический климат, что делает окружающую долину одним из самых плодородных мест страны.